Si tienes una página con una meta tag "noindex" y además la tienes bloqueada en el robots.txt no tiene por qué penalizarte Google.
No obstante, atiende a la solución acertada que te ha comentado
Daniel Ulczyk, tienes la posibilidad de añadir un
rel="canonical" a la página que no te importa que sea indexada apuntando a la que sí quieres que esté indexada.
Código HTML:
<link rel="canonical" href="http://www.dominio.com/paginaquequieroindexaroriginal" />