Si querés sacar una instancia de Empleados del array emple, vas a tener que implementar la función Eliminar fuera de la clase. Además, si fuera C yo crearía un array sin un tamaño definido e iría reservando la memoria suficiente durante la ejecución (calloc y realloc) y luego, al no necesitarla más, librerala (free). Por último, si usas C++, por qué tus cadenas son arrays de caracteres en lugar de usar la clase string?
Saludos y suerte!