ahi tendrias que hacer algo para relacionar tu foreach que recorre lines con el array que vos creaste,
seria
$id_checkbox=0;
foreach($lines as $line){
$id_checkbox++;
/*
tenes que ver si el elemento que estas recorriendo esta seleccionado
usando la funcion in_array
http://php.net/manual/es/function.in-array.php
*/
if( in_array($id_checkbox, $_POST['seleccion'] ) ){
/* es el seleccionado, hace lo que tengas que hacer con el*/
}
}