Jugar con los z-index y position

[ryugen]

Tu problema no es con el z-index ni con CSS.

Sino que el evento click se está propagando en el árbol de elementos y accionando el click del contenedor.

Para evitarlo tienes que cancelar la propagación

Código HTML:

<div class="contenedor" onclick="alert('acciona el click en el contenedor');">
    <img src='algunsitio.jpg'/>
    <div class="capaoculta">
    <div id="boton" class="boton">contenido boton</div>
    </div>
    </div>
 

Código Javascript:

document.getElementById("boton").onclick = function(e) {
    alert('acciona el click del boton');
    if(e && e.stopPropagation) 
    {
        e.stopPropagation();
    } 
    else
    {
          e = window.event;
          e.cancelBubble = true;
    }
}
 

Acá tienes un jsFiddle con el código funcionando