Subir archivo en segundo plano con System()

[cachusan]

Ok, si el problema es el timeout del script, o sea que no llega a completarse, deberías setear antes de lanzar la subida la siguiente función:

set_time_limit(0);

Esta función lo que hace es resetear o en el caso de poner 0 como argumento, invalidar el seteo del max_execution_time en el servidor.

Saludos