Ese código es para recortar la imagen y enviarla al navegador como imagen png, no se guarda, solo debería mostrarse.
La antepenúltima línea (header) se encarga de decirle al navegador que el contenido siguiente es una imagen.
La penúltima línea (imagepng) genera la imagen y puede enviarla al navegador o guardarla en disco, revisa el manual:
http://www.php.net/imagepng donde encontrarás algunos ejemplos para guardarla.