Buenas.
Primero quiero comentar una cosa:
Cita: 0000 1000 es mayor que 0000 0111 Para compararlos sin necesidad de convertirlos a sistema decimal, primero habría que mirar el número de dígitos que tienen, el que tenga más dígitos es el mayor.
No estoy de acuerdo con esto. Imagina que introduzco estas dos cadenas:
0000 y 1. Como la primera cadena tiene más caracteres que la segunda...
¿Dónde quieres usar fgets? Veo que andas usando scanf.
Un saludo.