Query execution was interrupted

[gnzsoloyo]

GROUP BY y ORDER BY son cláusulas asesinas de performance. Son los procesos que más tiempo consumen, en especial si la cantidad de registros es elevada.
Habría que analizar el funcionamiento con EXPLAIN, para ver dónde se puede mejorar, qué indices se pueden crear, y dónde está consumiendo principalmente los recusos.
Esto sería lo que debes correr desde el phpMyadmin (no lo hagas desde PHP), y mostrarnos el resultado compelto de la tabla:

Código MySQL:

EXPLAIN SELECT   r0.dni, r2.apellido_nombre, COUNT (r0.dni) Cant_presente,
         r1.teoricas, ((COUNT (r0.dni) * 100) / r1.teoricas) porcentaje,
         r1.actividad, r4.edad
    FROM asistencia r0 INNER JOIN inscripciones r3 ON r3.id_act = r0.id_act
         INNER JOIN actividades r1 ON r1.id_act = r0.id_act
         INNER JOIN alumnos r2 ON r2.dni = r0.dni
         INNER JOIN alumnosedades r4 ON r4.dni = r0.dni
   WHERE r0.dni = r3.dni
     AND r3.id_act = $identificacion_curso
     AND (   r0.asistencia = 'presente'
          OR r0.asistencia = 'P')
GROUP BY r0.dni, r0.id_act
  HAVING r4.edad = 25
     AND porcentaje >= 1
ORDER BY r1.actividad