Hola gonsales, bienvenido a los foros

:
Tal vez te sirva averiguar la altura de la capa visible, y lo consigues con offsetHeigth...
Algo así:
capaInferior.style.top = capaSuperiorVisible.style.top + capaSuperiorVisible.offsetHeight + 10...
el 10 lo puse para poner una distancia, y dependerá de como quieres ver la página.
Tanto capaInferior como capaSuperiorVisible deberás definirlo con las instrucciones que correspondan...
Por cierto, creo que es un planteamiento/solución "javascript"
Saludos