Bueno, has probado la herramienta de backups de plesk ?
Es muy eficaz, a mi nunca me a fallado, hace backups locales y remotos, si no hiciera bien un backup o no lo puede transferir al ftp te manda un email.
Por otro lado si quieres hacer crons más seguidos, digamos cada hora un backup de mysql ->
http://www.skamasle.com/como-2-forma...e-datos-mysql/
Si quieres backup incrementales has un script con rsync.
Si eres muy paranoico, backup cada hora con el script del enlace, backup diario con la herramienta de plesk y backup incremental cada X horas con rsync :/