Ninguna.
La diferencia está en que dependiendo de qué referencia uses para llamar a los métodos, tendrás disponibles todos los métodos o no.
Con Figuras f1, sólo podrás llamar a los métodos definidos en Figuras
Con Rectangulo f1, a los de Figuras y a los añadidos en Rectangulo.
Según necesites puedes usar una referencia o la otra con el mismo objeto.
Figuras f1=new Rectangulo(15,10);
Rectangulo f2=new Rectangulo(15,10);
Figuras f3 = f2;
Rectangulo f4 = (Rectangulo)f1;
Busca información sobre polimorfismo.
http://javacafesv.blogspot.de/2009/0...o-en-java.html