Bueno hoy en dia hay muchos keyloggers que permite hacer lo que deseas sin que el usuario se de cuenta :) Completamente escondido.
Simplemente es de encontrar uno que te envie reporte de duraccion en sierta pagina/app etc. Yo utilizo KGB Keylogger para todos los usuarios en nuestra empreza y es muy bueno.
Ahora, este keylogger lo tengo ya por años. Quizas con el tiempo y cambio de technologia ya puedas encontrar algunos mas fuertes con reportes mas completos.