esta es el codigo del ejemplo de la pagina html5 aqui funciona perfecto el tema es que se desarma al llevarla a header.php
<body>
<nav id="nav" role="navigation"> <a href="#nav" title="Show navigation">Show navigation</a> <a href="#" title="Hide navigation">Hide navigation</a>
<ul class="clearfix">
<li><a href="#">Home</a></li>
<li> <a href="#"><span>Categories</span></a>
<ul>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/jquery-plugins/" title="Latest & Recent Update jQuery Plugins">Latest jQuery Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/popular/" title="Most popular jQuery Plugins">Most Popular Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/recommended/" title="Recommended jQuery Plugins">Recommended Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/submit/" rel="nofollow">Publishing Your Plugin</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/blog/" title="jQueryScript Blog">Blog</a></li>
</ul>
</li>
<li> <a href="?work"><span>Popular</span></a>
<ul>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/slider/">jQuery Slider Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/slideshow/">jQuery Slideshow Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/menu/">jQuery Menu Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/table/">jQuery Table Plugins</a></li>
<li><a href="http://www.jqueryscript.net/gallery/">jQuery Gallery Plugins</a></li>
</ul>
</li>
<li><a href="#">About</a></li>
</ul>
</nav>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.min.js"></script>
<script src="js/doubletaptogo.min.js"></script>
<script src="js/doubletaptogo.js"></script>
</body>
Esto esta en header.php
<div id="logo"><a href="<?php bloginfo('url')?>"><img src="<?php bloginfo('template_url')?>/images/logo.png" alt="logo"/></a></div>
<!--fin logo-->
<!--comienzo menu-->
<h3><Div id="menu">
<nav id="nav" role="navigation"> <a href="#nav" title="Show navigation">Show navigation</a> <a href="#" title="Hide navigation">Hide navigation</a>
<ul class="clearfix"><LI><?php wp_list_pages( 'title_li=&depth=2' ); ?>
</LI>
</ul>
</nav>
</Div>
</h3>
<!--fin menu-->