Tus lineas
Código PHP:
$ref_fact_pdf[]="";
$ref_fact_xml[]="";
deben estar DENTRO del FOR, así:
Código PHP:
for ($i=0; $i < $num_files; $i++) {
$ref_fact_pdf[$i]=$ref_fact_xml[$i]='';
$archivo = $_FILES['archivo_fls']['name'][$i];
...
...
...
Adicionalmente ese
else está en el lugar equivocado.
Mueve esas 2 lineas al INTERIOR de tu FOR y nos cuentas.
Salu2!