¿Estoy usando bien un dedicado alojando webs de esta forma?

[Increhost]

En mi opinión (pero es algo personal) lo mejor es tenerlo en carpetas separadas, de ese modo
si tenés algún sistema de manejo de sitios, medidas de tráfico, estadísticas, te ahorrás en el sitio principal las visitas "falsas" de peticiones que pueden llegar a ir a la carpeta del sitio secundario.

Saludos!