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Iniciado por dashtrash 
No entiendo qué tiene que ver qué IDE usas, con arquitectura de aplicaciones..Y qué tiene que ver la separación de presentación y lógica, con lo que estoy diciendo...Y, finalmente, si tienes la suerte de permitirte el lujo de siempre editar PHP desde dentro de un confortable IDE, estupendo..Pero eso no sustituye el conocimiento del lenguaje y del por qué de las cosas (o si..?)
Tiene que ver que el problema que describes solo sucede cuando transfieres archivos a traves de protocolos como FTP o utilizando IDEs que tocan tu código sin que tú te des cuentas.
Que tiene que ver la arquitectura de aplicaciones? Caray....
Que si tienes tu logica separada de tu aplicacion, no tienes que utilizar cosas como:
Código PHP:
<table>
<?php
// conexion a la base de datos
// manejo de sesiones / cookies
// mas logica que no tiene porque estar aqui
// un ciclo while/for
?>
<tr>
<td></td>
</tr>
<?php cerrar mi while, mas codigo que no tiene porque ir aqui?>
</table>
Si obviamente en algun momento vas a tener que utilizar un <?= ?> y cerrar esa etiqueta, sino vas a tener error de sintaxis y es lo que escribi al principio:
"A menos de que forzosamente tenga que cerrarla, simplemente no lo hago"
¿Por qué? Porque no tiene caso.
Y no no es ninguna suerte ni ninguna fortuna editar mi PHP en un buen editor.
Eclipse + PDT es completamente gratuito y facil de instalar,
Sublime Text 2 tambien es gratuito.
Notepad++ es gratuito
si la gente utiliza Dreamweaver para escribir en PHP es por ignorancia pura.
La gente deberia solamente subir su codigo por FTP solo si su servidor no les permite conexiones ssh
Si la gente supiera de comandos como ob_start(), el error que describes NO SUCEDERIA.
Si la gente supiera de HEREDOCs, el error que describes NO SUCEDERIA.
Asi que cuando la gente dice "es que se puede colar un caracter al final de tu archivo" simplemente me dice que es un problema con sus practicas de transferir el codigo de un lugar a otro, me dice que probablmenete no utiliza control de versiones, ni un buen IDE que detecte y corrija eso al escribir los archivos, y sobretodo que hay un factor externo que toca el codigo del programador sin la autorizacion del programador.
Porque PHP no inserta un caracter alfinal del archivo nadamas porque si, ¿o si?