¿Estoy usando bien un dedicado alojando webs de esta forma?

[MarceFX]

Hola,

Tengo un dedicado gestionado en 1&1 en el que metemos webs de la empresa. Ahora mismo estamos, simplemente, creando carpetas para cada web y apuntando el dominio a esa carpeta.

Me acabo de dar cuenta que al ser carpetas normales, se puede acceder a cada web desde el dominio que está en al raíz del servidor, es decir:

dominioprincipal.com (en la raíz)

Permite acceder a:

dominioprincipal.com/sitioweb2/
dominioprincipal.com/sitioweb3/
dominioprincipal.com/sitioweb4/

Supongo que Google puede encontrar estos dominios e indexarlos como contenido del dominio principal. ¿Hay alguna forma de prevenir el acceso a estas carpetas a nivel de servidor? Es decir, que no carguen.

Gracias