No puedes imprimir cosas de PHP en un archivo con extensión .html, la idea es que uses archivos .php para que sean pre-procesados en el servidor y solo se envié el html resultante.
Una vez que lo hagas en un archivo PHP, es algo trivial, solamente imprimes tu variable:
Código PHP:
Ver original<script type="text/javascript">
var links = <?php echo $variablequetieneelcodigojs; ?>;
Saludos.