Crear reloj php e insertar campo nuevo en base de datos

[AlanChavez]

Los dos son buenos, pero si vas iniciando te recomiendo que inicies con MySQL ya que la documentación de PHP y MySQL es muy extensa en la web.

Con respecto a las instrucciones que publicaste, esas instrucciones sirven para alterar la estructura de una base de datos. Eso no es algo que deberias hacer dinamicamente por un sin fin de razones, pero la mas importante es que tu aplicacion se va a hacer inmantenible, porque tendrias que estar actualizado TODAS las consultas SQL en tiempo de ejecucion o construir un programa llamado ORM que se encargue de hacerlo por ti.

Dado que mencionas que eres un novato (y que el diseño que propones no es optimo para tu aplicaciones), naturalmente la mejor opcion para ti es tener una tabla en MySQL con los campos:

ID,
hora_entrada,
hora_salida

Y lo unico que tienes que hacer es

UPDATE Reloj
SET hora_entrada = "3:00",
hora_salida = "1:00"

Dado que estas aprendiendo, el objetivo es que investigues por tu cuenta y vengas a publicar dudas especificas a los problemas que vayas encontrando

para realizar tu aplicacion, te recomiendo que investigues acerca de

1) Como crear una tabla en MySQL
2) Como conectar MySQL y PHP usando PDO o MySQLi (si ves un tutorial que use comandos mysql_connect, mysql_query, etc... ES UN MAL TUTORIAL).
3) Investiga acerca de UNIX_TIMESTAMPS en MySQL, ese tipo de campo te va a permitir guardar información sobre el tiempo y la hora, sin necesidad de crear campos nuevos.