Supongo que lo que sucede es que no tienes en cuenta el modo o perfil de color; para que lo compruebes, he realizado unas capturas tanto con perfil o modo RGB como con CMYK; y verás como hay diferencias utilizando siempre el mismo color
#ff7800.
Illutrator para imprimir (CMYK)
http://i.imgur.com/LAZomyW.jpg 
Photoshop modo CMYK
http://i.imgur.com/qv8hBME.jpg 
Illutrator perfil web (RGB)
http://i.imgur.com/3sEsirY.jpg 
Photoshop modo RGB
http://i.imgur.com/ZqpfEjI.jpg 
Saludos.