Si es lo que etaba revisando, y al parecer desde ahi no estan las FK, lo raro es que en mi definición de mis tablas si estaban:
ejemplo de esta tabla:
Eso si no estaba especificado el motor InnoDB, no se si por eso al crearla no tomo en cuenta las FK, pero pues tendre que hacerlo manualmente tabla por tabla.. Muchas gracias!