Cita: hice un back up de la base de datos ya con las tablas migradas a InnoDb
¿Y antes de ese backup, te aseguraste de volver a crear las FK?
¿Tuviste en cuenta lo que te dije en el punto 3?
Modificar las tablas NO ALCANZA. Debes volver a crear esas FK luego de modificar las tablas,
porque las FK no existieron mientras las tablas fueron MyISAM. No es como si hubiesen estado "dormidas". NO EXISTEN.
¿Eso queda claro?
Las FK no se crean en automático. De hecho, puedes tener toda la base como InnoDB y jamás haberles definido FK a ninguna tabla. Y de todos modos funcionaría bien... claro que sin restricciones.