Cita:
Iniciado por valdric 
En el fondo, en el proyecto real mi intención es que al hacer click sobre un link a un archivo .dwg el Autocad me lo abra.
Aún así, el resultado de dichos enlaces no se controla con programación del lado del servidor ni del lado del cliente, es únicamente responsabilidad del sistema operativo y el navegador en cuestión asumir abrir directamente los enlaces o no.
No existe ninguna solución para forzar esto.
Cita:
Iniciado por valdric Respecto al tema de seguridad que comenta Javier01, hay alguna manera de indicar a IE10 o a Chrome que se salten esa limitación asumiendo el riesgo?
No, tampoco hay solución para esto.
Debes entender que como sea se trata de riesgo, y por sentido común jamás se podrá deshabilitar dicho comportamiento desde el navegador.
Lo mejor es que el usuario descargue el archivo y lo abra como desee, tampoco es que sea tan grave.