si ese es el caso, yo suelo resolverlo del lado del server cuando uso PHP, si no es tu caso creo que con CSS media print puedes alterar el aspecto de los checkbox para imprimir:
http://stackoverflow.com/questions/2...ike-a-checkbox (consulta la 2da respuesta) la idea es que en el modo impreso sustituyas al mismo checkbox por una imagen según este o no seleccionado