Regla básica de desarrollo de aplicaciones con bases de datos: Si los nombres acentuados se almacenan bien al insertarlos manualmente, entonces el problema no está en la base.
Está en alguna parte de la interfaz de usuario que envía el INSERT a la base.
Te hago notar una cosa:
Cita: Todo marchaba con normalidad hasta hace unos días, cuando los digitadores de dicha institución me reportaron que varios de los nombres que asignaron a las fichas, se habían recortado.
Cita: Cabe acotar que este problema (el de los caracteres, no el del acortamiento de los nombres), se presentó desde que implementé Ajax
Como conclusión lógica es que en alguna parte de la codificación Ajax, se está manejando esas cadenas de texto con una codifiación incorrecta. Con sólo que en una etapa no se esté controlando la codificación, alcanza.
Revisa todo el código nuevo en cada etapa.
El problema está alli.