Vamos a ver si comprendo bien... Me puse a hacer el ejemplo de
3.5.9 Using AUTO_INCREMENT creando ambas tablas, insertando información y luego borrando TODOS los registros de la tabla, e inmediatamente el campo de autoincremento se reinicia. Después hice las mismas pruebas ingresando información y borrando solo algunos registros y al ingresar más, continúa con la última secuencia, o sea, si tenía inicialmente 5 registros y borraba los elementos 1 y 3, al insertar los nuevos registros, continuaban de 6 en adelante. Pero hasta donde he leido, no se puede resecuenciar los otros registros que contengan un campo autoincremental. Lo que SI podes hacer es cambiar la secuencia de inicio del autoincremental con ALTER TABLE tbl_name AUTO_INCREMENT = 100.
Si lo que queres es resecuenciar los registros que quedan, podrías hacerlo recorriendo la TABLA, registro por registro y cambiarles el valor del campo autoincrental el cual se puede repetir siempre y cuando NO sea un campo llave.