Hola,
Cuando hablas de Tortoise me imagino que te refieres a
Subversión
TU utilizas un servidor ftp para subir información, pero tortoise no solo hace eso, tambien te la Versiona, eso significa que si la embarraste en tu codigo tal vez tengas una copia sin el error en SVN, tambien te permite manejar las versiones de tu software, permite varios desarrolladores en el mismo programa y demás.
Tal vez si le das una leida a internet de como se usa Tortoise puedas orientarte mas...