estaria mal o algun incoveniente hacer un sistema en un archvivo php

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si es una aplicación pequeña con una, dos o tres funcionalidades muy sencillas y que se sepa que en un futuro cercano no habrá que implementar cosas nuevas y es para solucionar algo puntual, todo en un archivo está bien.

hacerlo todo en un archivo va a funcionar, pero si no te encuentras en la situación antes descrita entonces no es una buena práctica. lee sobre patrones de arquitectura, en el caso de web el mvc es el más utilizado.

uno de los grandes dilemas de php y html es cómo separar lo más posible ambos lenguajes.
a medida que el o los archivos van creciendo de tamaño habiendo sido escritos sin seguir unas pautas de separación te vas a encontrar en un mar lleno de galimatías, donde para encontrar algo que quieras mejorar o aumentar las funcionalidades te va a ser muy difícil y frustrante.

además luego está la cuestión de que puede que no seas tú la única persona que tenga que trabajar con dicho código, encontrarse con un código no escrito por uno mismo y además mezclado hace mucho daño a la vista y hace perder tiempo para entender el código.