Si querés gestionar el contenido de varios checkbox al mismo tiempo, simplemente podés usar la opción que te había dado jlct para el tema del value. Trabajalos como un array. Eso se hace de la siguiente manera:
Código PHP:
<?php
<input type="checkbox" name="af_2_[]" id="'.$i.'" value="'.$i.'" style="position:relative; left:5px; top:4px;" class="validate[minCheckbox[1]] checkbox, validate[maxCheckbox[2]] checkbox" onClick="foco('.$i.');">
?>
Ahí estarás creando un array llamado af_2_ donde cada posición representará a cada uno de los checkbox seleccionados con su respectivo valor. Hacé la prueba volcando el contenido de $_POST al tener varios checkbox seleccionados y verás de que te hablo ;)
Código PHP:
<?php
var_dump( $_POST );
?>