Los sistemas basados en una base de datos todo lo que crean o no crean lo hacen en función de lo que esta guardado en la bbdd. Luego los meta_keys también, es decir cuando se presenta la portada, hay un script que hace una consulta a la base de datos para obtener que debe mostrar en la portada, sean posts o meta_keys... si lo que sale en la portada depende solo de ese checkbox luego la solución es la que te di.
Viendo el código que has pasado yo buscaría el código de la classe
WP_query donde podrás ver como consulta los post de portada. Y el código de la función
add_post_meta($post_id, '_portada', '1') donde verás que modificación hace sobre la base de datos para agregar un meta al post...
(Ahora viendo los parametros de esta última función, te sugeriria que busques una tabla de meta_keys, fijate que la función recibe el id del post y el meta_key.... como el número de meta_keys de un post debe ser N la solución es guardarlos en una tabla aparte)...
Si es el caso
esto crearia el meta_key de todos tus post...
1200 post quieres poner en portada????