generalmente no usamos UML (a menos que el cliente lo exija) sino que usamos las pisaras acrílicas para plasmar modelos y casos de uso, algo así como avalanchas de ideas, pero raramente documentamos eso (los clientes ni lo entienden).
Para el manual de sistema sólo coloco el mapa de la red, Modelo E-R y listo.
con respecto al modelo ER, lo extraemos de Navicat, EMS o cualquier modelador de DB, saludos