Hola jorgemibanez, bueno, primero que todo tal vez éste tema sea más PHP que javascript.
Partimos de que ya se ha tenido en cuenta lo siguiente:
1. Teniendo en cuenta que ya tienes la imagen en el servidor y sabes su ruta.
2. Teniendo en cuenta donde quieres guardar la nueva imagen.
3. Teniendo en cuenta que ya sabes lo que quieres recortar en la imagen: desde donde (x1,y1), cuanto de alto (Height) y cuanto de ancho (Width).
Debes enviar estos 6 datos a PHP para allí utilizar el método
imagecopyresampled.
Ejemplo: 
(Imagen tomada de: http://dextructables.com/manipular-imagenes-php/)
En lo anterior se utilizaría el siguiente código:
Código PHP:
<?php
// El archivo
$src_original = 'fotos/imagenOriginal.jpg'; //Ponerla desde JavaScript por parametros
$src_guardar = 'fotos/imagenOriginal_recortada.jpg'; //Donde la quiere guardar
//Desde donde
$x1 = 76;
$y1 = 72;
//Ancho en pixeles
$ancho = 164;
//Alto en pixeles
$alto = 106;
// Redimensionar
imagecopyresampled($src_guardar, $src_original, 0, 0, $x1, $y1, $ancho, $alto, $ancho, $alto);
?>
Cualquier duda comenta de nuevo.
Saludos.