Primero te recomiendo que cambies a PDO... Por favor hazlo para no decirtelo la proxima vez
Segundo solo es cuestión de añadir una variable antes del bucle y la tabla el número, algo así:
Código PHP:
Ver original$n = 1;
while (.......) {
echo '<table>'
. '<tr>'
. '<td>' . $n++ . '</td>'
. '<td>segunda columna</td>'
. '<td>tercera columna</td>'
. '</tr>'
. '</table>';
}