No es necesario instalar desde 0, tienes que hacer lo que te he dicho antes.
Haz una copia de seguridad ("por eso mismo, por seguridad").
Descargar la nueva versión y subirla reemplazando los archivos existentes.
Luego actualizar tal como se indica en la guía de whmcs:
http://docs.whmcs.com/Upgrading