Hola,
Podes por ejemplo crear un hash de la session en tu msql con el id del usuario como valor y pasas el hash en la cookie con php..
Ya en el node usas el método autorization con mysql.. ejemplo
Código:
io.set('authorization' , function( handshake , callback){
// handshake.headers.cookie contiene cookies del cliente
console.log(handshake.headers.cookie);
});
De modo que obtienes el valor del cookie con el hash del usuario que se identifico en mysql y por lo tanto obtienes el id en la base de datos lo cual te ayuda a obtener también nombre y demás propiedades del usuario..