Suma de datos uniendo varias tablas

[quimfv]

Código MySQL:

SELECT a.Codigo as codigo, 
             a.anio_estudio,
             m.materia_principal,
             p.materia,
             SUM(p.promedio_anual) AS promediopt
FROM (alumnos a INNER JOIN promedios p ON a.codigo=p.codigo)
          INNER JOIN m.malla ON m.anio_estudio=a.anio_estudio
                         AND p.materia=m.materias_complementarias
WHERE m.materia_principal='MATEMATICA'
GROUP BY a.Codigo as codigo, 
             a.anio_estudio,
             m.materia_principal,
             p.materia;
 

Código MySQL:

SELECT a.Codigo as codigo, 
             a.anio_estudio,
             m.materia_principal,
             SUM(p.promedio_anual) AS promediopt
FROM (alumnos a INNER JOIN promedios p ON a.codigo=p.codigo)
          INNER JOIN m.malla ON m.anio_estudio=a.anio_estudio
                         AND p.materia=m.materias_complementarias
WHERE m.materia_principal='MATEMATICA'
GROUP BY a.Codigo as codigo, 
             a.anio_estudio,
             m.materia_principal;
 

Tu estructura de tablas no és muy correcta.

Te recomiendo lo siguiente:

AniosEstudio
idAnio
anio

(1,"2012-2013")

Alumnos
idAlumnos
Nombre
...

Materias
idMat
materia

Matricula
idAlumnos
idAnio
idMat

MateriasComp
idMComp
materiaComp

RelMatMatComp
idRMMC
idMat
idMComp
idAnio
(esta seria tu Malla)

Notas
idNota
idAlumnos
idAnio
idRMMC
fecha
nota
...

La tabla promedios es un error puesto que sus datos son un calculo sobre las notas, nunca guardes un calculo si no el dato original.

12.2.7.1. JOIN Syntax