Si aplicaste el ALTER IGNORE... sobre la tabla, ya no deberían existir esos registros.
Manual de referencia Cita: IGNORE es una extensión MySQL a SQL estándar. Controla cómo funciona ALTER TABLE si hay duplicados en las claves primarias en la nueva tabla o si ocuren advertencias cuando está activo el modo STRICT. Si no se especifica IGNORE la copia se aborta y no se ejecuta si hay errores de clave duplicada. Si se especifica IGNORE , entonces para duplicados con clave única, sólo se usa el primer registro. El resto de registros conflicitivos se borran. Los valores erróneos se truncan al valor más cercano aceptable.
Fuera de eso, para lograr los datos que buscas se usa una combinación de GROPU BY, HAVING y subconsultas... Aunque con un numero elevado de registros, puede ser poco performántico.