El tipo de favicon que estás usando no es estandar. Sirve solamente para IE y no para otros navegadores.
Te recomiendo que utilices una etiqueta meta para crear tu favicon de la siguiente manera:
Código HTML:
<link rel="icon" type="image/png" href="img/favicon.png" />
Tendrás que darle un tamaño de 32px * 32px.
En cuanto al problema de visualización en IE, tengo entendido que las versiones anteriores de IE sólo ponen el favicon cuando agregas la página a favoritos. Te recomiendo además usar el type "image/x-icon" en lugar de "image/vnd.microsoft.icon".
Suerte!