Hola nachohuerta.
En primer lugar, bienvenido a los foros.
Respecto a lo que necesitas, supongo que como las líneas de tu tabla vienen de una base de datos usando PHP, también entonces deberás crear los elementos "checkbox" desde PHP. Como modelo, te pongo este sencillo ejemplo para que te guies a la hora de generar los comandos.
Código PHP:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function borrar(){
with (document.frm){
var nMax = parseInt(maximo.value, 10);
for (var i = 1; i <= nMax; i++){
eval("bSelected = chk" + String(i) + ".checked");
if (bSelected){
alert("Eliminando el elemento " + String(i));
eval("chk" + String(i) + ".checked = false");
}
}
}
}
function mover(){
with (document.frm){
var nMax = parseInt(maximo.value, 10);
for (var i = 1; i <= nMax; i++){
eval("bSelected = chk" + String(i) + ".checked");
if (bSelected)
alert("Moviendo el elemento " + String(i));
}
}
}
</script>
</head>
<body>
<form name="frm">
<table border="0">
<tr>
<td>
<input type="checkbox" name="chk1">
</td>
<td>
Primera línea procedente de la base de datos
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<input type="checkbox" name="chk2">
</td>
<td>
Segunda línea procedente de la base de datos
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<input type="checkbox" name="chk3">
</td>
<td>
Tercera línea procedente de la base de datos
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<input type="checkbox" name="chk4">
</td>
<td>
Cuarta línea procedente de la base de datos
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<input type="checkbox" name="chk5">
</td>
<td>
Quinta línea procedente de la base de datos
</td>
</tr>
<tr>
<td colspan="2" align="center">
<input type="hidden" name="maximo" value="5">
<input type="button" name="borra" value="Borrar" onclick="borrar()">
<input type="button" name="mueve" value="Mover" onclick="mover()">
</td>
</tr>
</table>
</form>
</body>
</html>
Saludos.