PhoneGap (FileTransfer) y Servidor Web que no recibe POST

[skamasle]

Muchas diferencias en los archivos, ni ganas de verlo comenzando por que uno tiene php 5.2 y otro php 5.4 .

Has mirado el htaccess ? tal vez algunas reglas que bloquean ciertas peticiones o envios.

Tienen mod_segurity ?

Que tal la configuración de apache ?

Y por último que dice el error_log ?

Yo diría que por ahí esta el problema.