Si estás usando control de versiones entonces la respuesta es obvia: jamás incluyas dependencias de terceros en el código fuente de un proyecto.
Para eso hay gestores de dependencias, PEAR es uno de ellos, posiblemente te conviene más instalar dicha dependencia haciendo uso de PEAR o bien, Packagist/Composer.
Si cada usuario debe obligarse a descargar ZIPs cuando tus dependencias cambien, ¿que harás? Ahí entonces Git sirvió de nada.
Si planeas hacer las cosas bien te sugiero leer lo siguiente:
http://www.phptherightway.com/