No necesariamente debes poner javascript en la respuesta del servidor. La cuestión alli es que estar "recargando" el DOM de la página y las funciones que colocas con javascript suelen cargarse con el DOM inicial, entonces para poder agregar funcionalidad a los nodos nuevos debes capturar el refrescamiento. Si usas Jquery. con el evento "on" puedes hacerlo asignando las funcionalidades a el DIV padre que no cambie.
Te agrego aqui un enlace donde hablan del delegate y el On, opciones para ambos.
http://api.jquery.com/delegate/