Hola
Aclaro algo porque tengo la sensación que hay conceptos mezclados.
Si migrás los contenidos desde el sitio A al sitio B estás obligado a hacer redirecciones 301 pero no necesariamente a mantener la estructura de tus URLs
El archivo .htaccess existe—para este caso—en el directorio raiz de tu dominio A y será uno y sólo uno y no uno por cada página o documento. Además, su contenido será distinto del que pueda que exista para otras funciones en el sitio B
Básicamente la sintaxis es simple: carpeta+archivo origen dominio+carpeta+archivo destino
Ejemplo (según el escenario que los contenido migran de A a B)
Código Apache:
Ver originalRedirect 301 /index.htm http://dominioB/index.htm
Si mediante tu cuenta de Google gestionás tu sitio Web en las
Herramientas para Webmaster podés hacer un cambio de dirección. Este último paso no es independiente, es complementario a toda acción previa que lleves