De entrada, y a menos que tengas varios miles de peticiones del mismo script, no creo que haya problemas de lentitud en respuesta. Luego, aclara si tu tabla tiene varias columnas o sólo una, si tiene varias columnas y el color debe cambiar con que una celda sea diferente, sería mejor hacerlo mediante un ciclo.
Por otra parte, si es sólo una columna, puedes hacerlo como lo planteas, tan solo te sugiero lo siguiente:
Código PHP:
Ver originalecho "<td ";
if ($campo1!=$campo2)
echo "style='background-color:#ccc'";
echo ">".$campo1."</td>";
Otra opción es usar clases css, pero la lógica puede aplicar igual.