duda con count

[jurena]

Intenta con algo así (no lo he probado). Solo he añadido subconsulta a la consulta de @gnzsoloyo y unido con LEFT JOIN para tratar de obtener todas las empresas. El filtrado de datos quizás hace necesaria la subconsulta.

Código MySQL:

SELECT em.empresa, T1.estado, IFNULL(T1.cuenta,'') cuenta FROM empresa em LEFT JOIN (SELECT  E.empresa, IFNULL(R.estado, '') estado, COUNT (R.estado) cuenta, empresa_id
        FROM empresa E
             LEFT JOIN usuario U ON E.empresa_id = U.fk_empresa_id
             LEFT JOIN reporte R ON U.usuario_id = R.fk_usuario_reporta_id
       WHERE TRUE OR U.fk_empresa_id IS NULL OR R.fk_usuario_reporta_id IS NULL
    GROUP BY E.empresa_id, R.estado)T1 ON em.empresa_id = T1.empresa_id GROUP BY em.empresa_id, T1.estado