Aqui te dejo un link para que realices una auditoria de tus tablas para que veas donde se afectan los duplicados :)
http://forums.devarticles.com/micros...ase-22382.html
Y migrar una base de datos de access a mysql tampoco seria mucho trabajo acabo de migrar una base de datos de sql server a mysql con creo 30-50 registros y no fue mucho problema ;)