Puede que te hayan subido una shell, así funcionan algunas meten código en todos los PHP, si no tienes buena seguridad afecta a todas las cuentas de clientes que tengas.
Usa un anti malware:
http://kb.skamasle.com/2013/anti-mal...near-carpetas/
Si fue una shell puede que tengas suerte y no hayan accedido al root, algunos suben solo para hacer defaces meter enlaces en las webs o subir algún mailer y hacer spam que esto sería lo más grave por que puedes tener problemas con tu proveedor por spam.