además añado lo siguiente:
1 - puede haber un .htaccess diferente en cualquier directorio dentro del document_root, y con un propósito diferente
1.1 - un .htaccess por lo general afecta a todos los subdirectorios hijos, a no ser que uno de éstos tenga su propio .htaccess, por lo cual con tener un sólo archivo en la raíz basta
2 - dependiendo de las reglas del .htaccess NO todas las rutas del sitio cambian, incluso hay que colocar excepciones para los assets, porque, si implementamos un controlador frontal, no nos interesa que las imagenes, css y js pasen por PHP, sería inútil e innecesario