consulta mysql

[fenix4]

SELECT a.alumno, b.asignatura, c.nota
FROM alumnos AA a
LEFT JOIN asignaturas AS b ON (a.id_alumno = b.id_alumno)
LEFT JOIN notas AS c (a.id_alumno = c.id_alumno) ;

Allí te debería traer todos los estudiantes, con las materias que tenga, y las notas que tenga.

Ahora si quieres que salgan así:
asignatura1->nota1,nota2,nota3 etc
asignatura2->nota1,nota2,nota3 etc etc

Yo haría una consulta cruzada o me traería cada columna con un CASE y quedaría algo así en la vista.
Alumno 1, asignatura 1, nota 1, nota 2, ...
Alumno 1, asignatura 2, nota 1, nota 2, ...
Alumno 1, asignatura 3, nota 1, nota 2, ...
Alumno 2, asignatura 1, nota 1, nota 2, ...
Alumno 2, asignatura 2, nota 1, nota 2, ...
Alumno 2, asignatura 2, nota 1, nota 2, ...
....

Pero yo prefiero organizar los datos del lado de la aplicación.