Pues sacar un root común para todo, no uno diferente para los includes, otro para el front y otro para el back.
Código PHP:
$inc = 'http://'.$_SERVER['HTTP_HOST'].dirname($_SERVER['PHP_SELF']);
$root= $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/web';
$back= $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/web/back';
Esto, pero con una misma función. ¿Cómo lo hacéis vosotros? No uso frameworks.